在推进"双一流"建设中,从组织合法性视角探讨二级学院如何协调自身与学校组织目标间的张力与关系、采取何种合法性逻辑服务"双一流"建设大局、不同二级学院又将面临怎样的共性与差异问题等具有重要的理论与实践意义。采用问卷调查法和深度访谈法,对414位"双一流"建设高校二级学院院长进行深入调研,结果显示:规制合法性、模拟合法性和规范合法性三种组织合法性机制在"双一流"建设中起着重要作用,并在大学和学院追求合法性的过程中,促使二级学院由竞争趋同演化为制度趋同。为了避免这种趋同,就必须建立规范科学的"双一流"评价机制;尊重学科发展规律,给予二级学院更多的自主空间;建立学科建设投入的均衡机制,并注重学科特色的打造。可以预见的是,在"双一流"建设的现在和未来一段时期内,规制合法性依然会保持一个较高的水平,或许会进一步提高;模拟合法性将逐渐下降;规范合法性将逐渐增强。